Tốt nhất không nên tiêm vắc xin viêm não Nhật Bản cho trẻ sơ sinh bị tổn thương não, để tránh phản ứng thuốc. Tốt nhất là nên đợi trẻ sơ sinh lành hẳn rồi mới dùng vắc xin. Thông thường, hãy chú ý nhiều hơn đến tình trạng của trẻ sơ sinh và cố gắng cẩn thận không thực hiện các bài tập thể dục quá sức. Còn mẹ nếu đang cho con bú thì nên ăn một chế độ ăn nhẹ và không ăn thức ăn kích thích và dầu mỡ.
Trẻ sơ sinh sau khi được tiêm phòng không nên tắm trong thời gian ngắn vì lỗ kim chưa lành hẳn hết, vi khuẩn có thể xâm nhập vào lỗ kim trong quá trình tắm và gây nhiễm trùng. Một số trẻ sơ sinh có thể khóc sau khi được tiêm chủng. Cha mẹ nên an ủi trẻ một cách thích hợp để xoa dịu tâm trạng không tốt của trẻ sơ sinh.
Trẻ sơ sinh sau khi tiêm phòng không nên cho bú ngay. Để ngăn chặn cơn đói, tốt nhất là nên bú hay ăn một chút gì đó trước khi tiêm phòng. Thông thường sau khi tiêm phòng, trẻ sơ sinh sẽ có cảm giác khó chịu ít nhiều nên bạn cần quan sát trong bệnh viện một thời gian, sau đó có thể ra về mà không cần lo lắng. Nếu trẻ sơ sinh đang bị sốt, cảm lạnh và các bệnh khác, tốt nhất không nên tiêm vắc xin và đợi cho đến khi bệnh bình phục.