Trần Nhân Tông là một hiện tượng kỳ lạ trong lịch sử Việt Nam. Không những ông là vị vua trực tiếp tham gia chống làn sóng bành trước của Mông Cổ, mà còn là vị tổ một dòng thiền còn tồn tại đến ngày nay, dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử, còn gọi là Thiền phái Trúc Lâm. Nhân Tông đam mê Phật pháp từ ngày còn là thái tử, đến mức muốn nhường lại ngồi cho em trai để đi tu. Có lần ông bỏ trốn khỏi cung cấm để lên núi Yên Tử với ý định lặng lẽ tu hành, khiến cha mẹ phải đi kiếm và hết lời năn nỉ.
Niềm say sưa với Phật pháp của ông bị gián đoạn trong thời binh lửa. Sau chiến tranh, ngay sau khi tái thiết lại đất nước, ông nhường ngôi cho con trai để thỏa mong ước thời trẻ. Nhân Tông xây dựng nhiều thiền viện trong cả nước, và đi viễn du hóa độ đến tận Chiêm Thành. Nhờ công khai sáng dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử, người đời sau kính ngưỡng gọi ông là Phật Hoàng.